Хоакин родился в небогатой семье. Он был невысокого роста, поэтому получил от сверстников кличку Эль Чапо, то есть коротышка. Отец в раннем возрасте привёл мальчика на опиумную плантацию, предопределив его судьбу. Став юношей Хоакин понял, что может выбраться из нищеты только став наркоторговцем.